生物顯微鏡與金相顯微鏡的區別主要是在照明方式與物鏡上面：

1、生物顯微鏡用的是透射照明，一般用來觀察透時和半透明的樣本，不能用來觀察不透明物體，而金相顯微鏡主要是落射照明方式(也叫同軸照明)，光源從物鏡射出，主要用于觀察不透明樣本的表面，當然也有附帶透射照明裝置的較金相顯微鏡，可同時用于觀察透明樣本。

2、從物鏡來看，生物顯微鏡的高倍物鏡都有考慮蓋玻片厚度(0.17)和載玻片、培養器皿厚度(1.2)，所以其物鏡是通常標有 /0.17(正置顯微鏡)、 /1.2(倒置顯微鏡)，正置生物顯微鏡10倍以下物鏡則是 /-，也就是可以不考慮，這是為了校正玻璃對于光折射的影響，而金相顯微鏡的物鏡通常標有/0 。